乾隆皇帝东巡时与一女子夏雨荷有过一段露水姻缘，后雨荷生下一女夏紫薇而乾隆并不知情。多年后，雨荷病逝。紫薇携丫环金锁带着当年乾隆留下的信物，从济南千里迢迢到北京欲与父亲相认。主仆二人到京城后根本无法进宫面圣，趁朝廷官员梁廷桂儿子的婚礼混入梁府欲求梁廷桂帮忙引荐。正巧遇见小燕子大闹梁府婚礼，后二人结为好友。小燕子热心为她想办法混入宫，她们得知乾隆要到围场打猎，于是三人准备翻过一座山崖进入围场，但是紫薇和金锁爬不上去，紫薇只得拜托小燕子只身带着信物翻进围场寻找乾隆，进入围场后小燕子被五阿哥永琪的箭射中昏迷，乾隆以为是刺客，但是当他看到了摺扇和画卷以后，误认为小燕子是自己的女儿，将她带回皇宫治伤，并册封她为“还珠格格”。而紫薇却落得一无所有，连唯一的证物都失去了。皇上为庆贺重获爱女举行祭天仪式，仪仗队伍行经街市，正巧被紫薇、金锁看到。冲动之余紫薇冲上前欲拦队，被侍卫打昏，又被大学士福伦之子福尔康所救。福府在知道其身世后将她收留。小燕子并非无义之人，只是骑虎难下，加上宫内处处受管制，朝中的争权、后宫的争宠，更使她对原来的自由生活怀念不已。虽然皇上和令妃对小燕子宠爱有加，但皇后却极其反感。五阿哥永琪、福伦之子尔康、尔泰与小燕子成了好朋友。在探明小燕子的真心后，尔康、尔泰兄弟把收留紫薇之事说出。一切真相大白，但为了安全，五人决心共守秘密。紫薇与小燕子解除了误会，与尔康的感情也日渐加深；永琪亦对小燕子产生了情愫，但却碍于身份无法表态。小燕子将紫薇弄进宫做贴身丫头，但两人情同姊妹的感情渐渐让周围的人产生怀疑。而皇上对紫薇也有说不出的亲切感，引起了皇后的嫉妒。在容嬷嬷的怂恿下，皇后竟派人将紫薇抓到坤宁宫密室内严刑拷打。小燕子发现紫薇失踪后心急如焚，尔康夜探坤宁宫，终于发现了奄奄一息的紫薇。次日，小燕子再请乾隆出马对付皇后，总算将紫薇救出，化险为夷。