晚清末年，封闭多年的古老中国被西方洋舰大炮轰开了大门，时代发生着具大的变化。正值壮年的拳师黄飞鸿面对这大时代的变迁，感到非常迷惘。他曾苦练了三十多年的拳脚，面对洋枪洋炮，十八般武艺还有施展的空间吗？从医多年的中医医术，面对着西方的新医术。还有生存的余地吗？刘家辉饰黄飞鸿刚从西方回来的十三姨，带给黄飞鸿更大的冲击。十三姨精通洋文，生活西化，甚至还学会西洋射击、剑术，这些，不仅使黄飞鸿耳目一新，更令黄飞鸿的徒弟们大开眼界，他们决心要适应潮流，跟上潮流，做与时代并进的青年。这些，顿时使人到中年的黄飞鸿无所适从。十三姨带来的不仅是对黄飞鸿个人事业上、生活上的冲击，她带来的更是感情上的冲击！十三姨对黄飞鸿一往情深，这是黄飞鸿做梦也想不到的。虽然十三姨比黄飞鸿年轻十岁，彼此间也并无血缘关系，虽然十三姨美艳大方得体，但是辈分就是辈分，规矩就是规矩，作为晚辈的黄飞鸿又怎么可以接受长辈十三姨的爱？黄飞鸿别无选择，只有逃避，尽一切办法避开十三姨。很快，他就知道自己做错了，当新任提督扎方布(何中华饰)与十三姨过从甚密、谈笑风生的时候，他决定要陈慧珊饰十三姨正视与面对十三姨的爱情。扎方布在西方留学时，与十三姨是同学，现在以提督身份上任，有三大使命：一是缉拿地方劫富济贫的男盗“铁马骝”、女贼“金丝猫”；二是团结各界人士发展推动洋务运动；三是追缉剿灭同盟会等革命党人。黄飞鸿是地方上有名望的民团教练、医学界的精英，当然是扎方布团结的对象。在私人感情上，黄飞鸿与扎方布是情敌，但在公事上，黄飞鸿义无返顾，全力协助扎方布。为对付铁马骝和金丝猫，黄飞鸿精心部署，在推动洋务运动方面，黄飞鸿虚心学习，全力以赴。他的一班徒弟比他做得更起劲。在缉拿同盟会革命党人这件事上，通过与革命党人的交手，黄飞鸿的看法渐渐改变，使他了解了革命党人都是一群有理想、有抱负的人物。他发现铁马骝与革命党有关系，他的师叔苏乞儿也是革命党，更感到惊讶的是金丝猫竟然是十三姨！十三姨原来一直协助革命党人在海外筹措资金，推动革命，而扎方布接近十三姨，正是要利用十三姨把革命党人一网打尽。正当扎方布的部署要大告成功之时，黄飞鸿在大是大非面前与自己的众徒弟联手救援十三姨、铁马骝和革命党人，革命党人终告脱险。黄飞鸿率领“宝芝林”兄弟，在十三姨的全力协助下广开医馆，义务为百姓看病，在缉毒运动中查封烟馆、铲除黑势力、智擒非法走私外商，开创武馆,广招门徒，发扬中华武术，与日本恶霸校场比武，打消异邦气焰，得以拯救一方百姓。在官场，身为民间英雄的黄飞鸿与扎方布结下了不解的怨缘，两个人一边厢作为情敌都想拥有十三姨的真情，另一边厢为了家事国事一致对外，共同驱逐异邦恶霸对百姓的侵扰，尽现男儿胸怀天下的气概。多才多艺，秀外慧中的十三姨终究也是女中巾帼，她不仅化解了两个人的怨恨，也赢得了黄飞鸿的爱，有情人终成眷属。